Frei José Marques e Silva nasceu em Vila Viçosa em 1780, onde estudou com Joaquim Galão. Aos vinte e dois anos veio para Lisboa ocupar o cargo de organista na Igreja dos Frades Paulistas, onde professou. Na capital, estudou com João José Baldi e, quando este ocupou o cargo de Mestre da Capela Real da Bemposta, vago pela morte de Luciano Xavier dos Santos em 1808, chamou Marques e Silva para organista da dita Capela, da qual viria a ser também seu mestre, em 1816. Concorreu, e foi aceite, tal como António José Soares, às vagas docentes resultantes da morte de João José Baldi para organista da Capela Real do Rio de Janeiro.
Tido como pouco sisudo e modesto, de carácter desenvolto, irascível e dado à maledicência, segundo alguns, era porém considerado de sensibilidade generosa por outros.