Frei José Marques e Silva nasceu em Vila Viçosa em 1780, onde estudou com Joaquim Galão. Aos vinte e dois anos veio para Lisboa ocupar o cargo de organista na Igreja dos Frades Paulistas, onde professou. Na capital, estudou com João José Baldi e, quando este ocupou o cargo de Mestre da Capela Real da Bemposta, vago pela morte de Luciano Xavier dos Santos em 1808, chamou Marques e Silva para organista da dita Capela, da qual viria a ser também seu mestre, em 1816. Concorreu, e foi aceite, tal como António José Soares, às vagas docentes resultantes da morte de João José Baldi para organista da Capela Real do Rio de Janeiro.
Tido como pouco sisudo e modesto, de carácter desenvolto, irascível e dado à maledicência, segundo alguns, era porém considerado de sensibilidade generosa por outros.
Com a criação do Conservatório, foi nomeado professor de orquestra, cargo que nunca exerceu. Foi director do periódico Semanário Filarmónico, que mudaria o nome para Semanário Harmónico, onde publicou trechos seus. Entre os seus alunos contam-se Joaquim Casimiro, Xavier Migone, Miró, Manuel Inocêncio dos Santos, João Baptista Sassetti, António Pedro Vieira, Frei João da Soledade e Policarpo Neves, entre outros. Escreveu Missas, entre elas uma de Requiem e outra ao estilo pastoril para o Natal, Matinas, Motetes, vários Te Deum, Ladainhas, um Stabat Mater, etc. Entre as suas obras destacam-se algumas para os seis órgãos de Mafra: de salientar uma Missa para cinco coros de homens e cinco órgãos, e outra para tres coros masculinos e seis órgãos. Escreveu também para piano (sonatas, valsas, marchas, temas variados, etc.), para órgão (prelúdios), para orquestra (uma sinfonia), e uma Marcha Fúnebre, para pianoforte, por ocasião da «infausta morte de S. M. F. A. a Senhora D. Maria I». Escreveu também uma colecção de estudos de contraponto e fuga, sob orientação de João José Baldi, de muito interesse por nos mostrar como naquela época se estudava profundamente a composição. Faleceu em 1837.
